?外源成分探測(cè)器FED對(duì)基因編輯水稻、小麥外源成分檢測(cè)結(jié)果? ? ? ? ?王克劍供圖

基因組編輯技術(shù)為動(dòng)植物遺傳改良提供了革命性的遺傳操作工具。但在基因組編輯過(guò)程中，通常需要將外源載體導(dǎo)入生物體細(xì)胞內(nèi)，在基因組編輯完成后，再篩選出不含外源成分的材料個(gè)體。

隨著基因編輯產(chǎn)品大規(guī)模商業(yè)化的不斷逼近，如何檢測(cè)這些外源成分成為各國(guó)政府加強(qiáng)管理的一個(gè)重要技術(shù)前提。

近日，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院中國(guó)水稻研究所研究員王克劍團(tuán)隊(duì)和中國(guó)科學(xué)院遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所研究員李家洋團(tuán)隊(duì)合作，在《中國(guó)科學(xué)—生命科學(xué)》（Science China Life Sciences）正式出版發(fā)表了一種對(duì)外源成分進(jìn)行精確分析的工具，它不依賴傳統(tǒng)的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR）等分子檢測(cè)手段，可以一次性完成對(duì)4萬(wàn)多種不同外源成分序列的檢測(cè)。

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面對(duì)基因編輯“井噴”，傳統(tǒng)檢測(cè)方法應(yīng)接不暇

中國(guó)科學(xué)院院士曹曉風(fēng)認(rèn)為，基因組編輯技術(shù)為動(dòng)植物遺傳改良提供了革命性的遺傳操作工具，有望帶來(lái)新一輪的農(nóng)業(yè)科技革命，世界各國(guó)在這一研究與應(yīng)用領(lǐng)域展開(kāi)了激烈角逐。

“生物技術(shù)是推動(dòng)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)發(fā)展的核心動(dòng)力，是提升國(guó)家農(nóng)業(yè)競(jìng)爭(zhēng)力的戰(zhàn)略利器?；蚪M編輯作為新興的革命性技術(shù)，有望顛覆傳統(tǒng)農(nóng)作物育種模式，具有巨大的發(fā)展?jié)摿徒?jīng)濟(jì)價(jià)值?！敝袊?guó)工程院院士萬(wàn)建民指出。

萬(wàn)建民說(shuō)，美國(guó)、日本、加拿大、澳大利亞、巴西、阿根廷等多個(gè)國(guó)家已陸續(xù)出臺(tái)多項(xiàng)基因組編輯產(chǎn)品安全管理政策，將不引入外源成分的基因組編輯作物等同于常規(guī)育種作物進(jìn)行管理，簡(jiǎn)化基因編輯作物的審批流程，并積極推進(jìn)基因編輯產(chǎn)業(yè)的全球化布局。

曹曉風(fēng)強(qiáng)調(diào)，這其中，有無(wú)外源成分是基因組編輯產(chǎn)品是否需要接受政府監(jiān)管的主要依據(jù)。

王克劍告訴《中國(guó)科學(xué)報(bào)》，外源成分檢測(cè)主要采用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)等分子檢測(cè)手段。但是，基于聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的檢測(cè)方法需要已知外源片段序列才能設(shè)計(jì)擴(kuò)增引物，一次只能對(duì)少數(shù)幾個(gè)完整的外源成分進(jìn)行檢測(cè)。

“在外源片段序列未知或在體內(nèi)出現(xiàn)變異等情況下，基于聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的方法將無(wú)法對(duì)其進(jìn)行有效檢測(cè)，導(dǎo)致漏檢?！蓖蹩藙φf(shuō)。

另外，基于聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的檢測(cè)方法易受實(shí)驗(yàn)條件的影響，導(dǎo)致假陽(yáng)性或假陰性情況的發(fā)生。

“為應(yīng)對(duì)未來(lái)幾年全球基因編輯產(chǎn)品即將呈現(xiàn)的‘井噴’態(tài)勢(shì)，急需建立一套科學(xué)嚴(yán)格的基因編輯產(chǎn)品檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)。”萬(wàn)建民說(shuō)，以此保障基因編輯產(chǎn)品的安全。

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外源成分可實(shí)現(xiàn)自動(dòng)識(shí)別

這種對(duì)外源成分進(jìn)行精確分析的工具被稱為外源成分探測(cè)器（Foreign Element Detector，簡(jiǎn)稱FED）。

王克劍介紹，美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心（NCBI）和addgene等生物數(shù)據(jù)庫(kù)收集了各國(guó)科研人員遞交的不同物種的各類載體序列信息。

“我們把相關(guān)數(shù)據(jù)下載后整理歸類，建立了外源成分?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù)?！蹦壳?，這個(gè)外源成分?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù)中有46695種不同外源成分序列的信息。

外源成分探測(cè)器可以將被檢測(cè)產(chǎn)品的全基因組序列直接和該數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息進(jìn)行比對(duì)，從而找出是否有相同相似的外源成分。

因此，不同于傳統(tǒng)的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)檢測(cè)，外源成分探測(cè)器可在外源成分信息未知的情況下，一次性完成對(duì)46695種不同外源成分序列的檢測(cè)。同時(shí)，外源成分探測(cè)器還可以精確鑒定出外源成分的片段長(zhǎng)度及在基因組上的插入位置。

“這個(gè)方法就像在人臉識(shí)別系統(tǒng)中錄入每一個(gè)人的頭像，以后就可以自動(dòng)采樣識(shí)別人臉。大數(shù)據(jù)識(shí)別操作簡(jiǎn)單、識(shí)別精準(zhǔn)、效率高?！蓖蹩藙φf(shuō)，而傳統(tǒng)的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)方法是針對(duì)每一個(gè)人臉的特征進(jìn)行局部檢查，需要個(gè)性化設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)，檢查后再核對(duì)一致性。

中國(guó)科學(xué)院院士曹曉風(fēng)指出，該基因編輯外源成分檢測(cè)分析平臺(tái)，從全基因組水平對(duì)動(dòng)植物基因組編輯產(chǎn)品的外源成分進(jìn)行鑒定分析，猶如給基因組編輯產(chǎn)品的監(jiān)管配上最先進(jìn)的“人臉識(shí)別”技術(shù)，通過(guò)基因組大數(shù)據(jù)分析使外源成分無(wú)處遁形。

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可實(shí)時(shí)更新的檢測(cè)分析平臺(tái)

目前，外源成分探測(cè)器已經(jīng)內(nèi)置了24種植物（水稻、小麥、玉米、大豆、油菜、西紅柿等）和13種動(dòng)物（豬、牛、羊、雞、鴨等）的參考基因組信息，有望為全球基因組編輯生物的應(yīng)用和安全監(jiān)管提供重要工具平臺(tái)。王克劍告訴記者，外源成分?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù)的信息還在不斷更新。

萬(wàn)建民說(shuō)，這一基因編輯產(chǎn)品外源成分檢測(cè)分析平臺(tái)，從全基因組水平對(duì)常見(jiàn)外源成分進(jìn)行大數(shù)據(jù)分析，且該平臺(tái)內(nèi)置的外源成分?jǐn)?shù)據(jù)庫(kù)可以根據(jù)全球最新研究進(jìn)展進(jìn)行實(shí)時(shí)更新，有力保障了基因編輯產(chǎn)品不受外源成分的污染。

該檢測(cè)分析平臺(tái)實(shí)現(xiàn)了基因編輯外源成分檢測(cè)從傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)鑒定到大數(shù)據(jù)智能分析的迭代升級(jí)，具有高精度、高通量和適用范圍廣等優(yōu)點(diǎn)，為基因編輯產(chǎn)品產(chǎn)業(yè)化提供安全保障，為基因編輯產(chǎn)品監(jiān)管政策提供科學(xué)依據(jù)。

曹曉風(fēng)說(shuō)，該檢測(cè)分析平臺(tái)具有超高通量、準(zhǔn)確率高、兼容性強(qiáng)等諸多優(yōu)點(diǎn)，還可不斷延展，接納來(lái)自全球的更新數(shù)據(jù)，是一款基于互聯(lián)網(wǎng)思維打造的檢測(cè)方法，有望顛覆傳統(tǒng)的外源成分監(jiān)管手段，為全球基因組編輯生物的應(yīng)用提供重要的安全監(jiān)管工具技術(shù)平臺(tái)，為全球基因組編輯監(jiān)管體系建設(shè)賦能，加速推動(dòng)基因組編輯產(chǎn)品的安全有序上市。

相關(guān)論文信息：https://doi.org/10.1007/s11427-020-1731-9

外源成分探測(cè)器鏈接：http://www.hi-tom.net/FED



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